Cúp Intertoto 1964–65 với chức vô địch thuộc về Polonia Bytom, đội vào chung kết mùa trước, đánh bại Lokomotive Leipzig trong trận chung kết mùa này – là trận đấu đầu tiên diễn ra trong 2 lượt trong lịch sử giải đấu. Có 44 câu lạc bộ tham gia, giảm 4 câu lạc bộ so với mùa trước, các câu lạc bộ từ Bulgaria và Hy Lạp lần đầu tiên tham gia. Giải đấu cũng bị ảnh hưởng bởi quyết định của UEFA khi ngăn cản các câu lạc bộ tham gia Giải bóng đá vô địch các câu lạc bộ châu Âu hay Cúp các câu lạc bộ đoạt cúp bóng đá quốc gia châu Âu tiếp tục các giải đấu cấp châu lục sau khi kết thúc kì nghỉ hè. Các câu lạc bộ được miễn đấu ở vòng đấu loại trực tiếp, cho đến khi họ bị loại hoặc rút khỏi các giải đấu của UEFA.